Jak psát vědecký článek a je dnes vůbec možné prorazit s převratnou novinkou?

Na kolika vědeckých pracích jste se zatím podílela?

Přiznám se, že přesný počet nevím, ale je to něco mezi 40 a 50.

Stalo se vám někdy, že vám porota z vědeckého časopisu článek vrátila? Jsou kritéria ostrá? 

Záleží na článku a také jaký časopis si vyberete. Jeden můj text ještě z diplomové práce mi komise vrátila desetkrát, a to bylo hodně demotivující. Nakonec vyšel a paradoxně se stal mým nejcitovanějším. (úsměv)

Na základě čeho téma odborného článku vybíráte?

Téma vybíráme podle toho, co nás i ostatní vědce z oboru zajímá. Původně jsem vystudovala parazitologii, ale už více než 15 let působím v oboru onkoimunologie. Základní směr práce je většinou daný školitelem nebo nadřízeným. To mi ale nikdy moc nestačilo, takže jsem si vždy našla další body zájmu, které se daly rozvinout. Člověk zároveň hodně čte literaturu k danému tématu a neustále hledá nové nápady. Narazím tak třeba v nějakém článku na zajímavý fakt ke karcinomu slinivky a už to může být příležitost prozkoumat to i u našich pacientů. Takže nápady přicházejí z publikací, konferencí, rozhovorů s kolegy a rozvíjejí se během výzkumu, protože s výsledky naší práce někdy přicházejí spíše další otázky než odpovědi. 

Jak dlouho trvá napsat vědecký článek a případně jak bývá optimálně dlouhý? Jsou stanoveny limity na jeho délku? 

Limity jsou, i když ne u všech časopisů, ale většinou bývají okolo 5000 slov. Dříve limity nebývaly. Kvůli tomu se ale hodně autorů rozepisovalo a texty bývaly obecně delší. Pamatuji si recenzi u svého prvního článku, podle které byl moc užvaněný. (smích) Od té doby proto píšu co nejstručněji. Ve výsledku tak vychází text se sedmi grafy na zhruba 30 stránek s dvojitým řádkováním. 

A jak dlouho se článek píše? Záleží na tom, kdo ho píše. Student píše svůj první článek mnohem déle než člověk se zkušenostmi. Někdy i napsat samotný úvod může trvat jeden dva dny a nejlepší je ho psát na závěr, když už je člověk se základní prací hotový. Nejvíce času zabere diskuse, kdy autor musí nastudovat veškerou literaturu a s ní porovnat své výsledky. Mně osobně trvá napsat článek okolo 14 dní, když se na něj opravdu soustředím, nicméně pak následuje ještě kolečko připomínek spoluautorů a následná revize, čímž se opět vše protahuje.

Předpokládám, že samotné psaní zabere třeba dva týdny, ale náročná bývá právě rešerše. 

Rešerše probíhají už během našich pokusů. Jestliže má být článek opravdu kvalitní, může práce na něm trvat dva tři roky. Samozřejmě během této doby vedle experimentální práce neustále čteme literaturu, pozorujeme, kde jsou ostatní týmy v oboru, co už je vyzkoumané a co ještě ne. Rozhodujeme se, kterou cestou jít a jaké téma následně zpracujeme do článku.

Čtyři základní kategorie kvality článku

Co by měla kvalitní vědecká publikace obsahovat a co následně posuzuje porota odborného časopisu?

Sama oponuji články docela často a existují čtyři základní kategorie, které se posuzují. Jednou z nich je kvalita psaní. Posuzuje se nejen kvalita jazyka českého a anglického, ale také čtivost článku. Druhou kategorií je, jak moc je článek zajímavý pro publikum, které časopis čte. Třetí kategorií je tzv. rigor, který určuje, jak je článek a potažmo celý projekt dobře vymyšlený. Postupovali autoři opravdu podle vědecké metodiky? Jsou všechna data správně zanalyzovaná a experimenty dobře naplánované? Je kvalitně provedená vizualizace dat? Vědecká práce by se měla řídit jasnými kritérii, a rigor tedy vlastně znamená, jak moc je s těmito kritérii v souladu. Když máme například dvě skupiny pacientů, tak nemůžeme dát do jedné skupiny ty, kteří se mají dobře, a do druhé skupiny ty, kteří se mají špatně, a nějakým způsobem je ošetřovat. Pacienti se musí randomizovat – rozdělit do skupin náhodně, aby byly obě skupiny srovnatelné. Ke všem měřením potřebujeme kontroly. Potřebujete dostatečný počet pacientů (nebo myší), aby byly výsledky průkazné. Nakonec i když je článek vizuálně včetně grafů a obrázků pěkně udělaný, posuzujeme, jestli interpretace výsledků je v souladu s daty, a občas zjistíme, že není. Tvrzení vůbec neodpovídají tomu, co ukazují naměřené hodnoty. 

Výsledky si tedy ověřuje i samotná porota magazínu? Je to vůbec v jejích silách? 

V nejlepších časopisech musí autor dodat i všechna originální data a opravdu tam mohou být lidé, kteří tato data studují a ověřují, jestli nejsou výsledky zfalšované. V současné době se ale publikuje obrovské množství článků a myslím si, že ani není dostatek lidí, kteří by vše zkontrolovali. Tuto jistotu má člověk jen u těch nejlepších časopisů, kde proces recenzního řízení je velmi striktní a posuzování může trvat až rok. Porota posuzuje vše od skriptů pro statistické analýzy až po data a obrázky, jestli tam není nějaká manipulace.

Řekli jsme si čtyři kategorie posouzení článku. Co je ta čtvrtá? 

Čtvrtou kategorií je, jak moc nové je dané téma. Pokud třeba zkoumáme B-lymfocyty u pacientů s nádorem hlavy a krku, a přitom už bylo napsaných a vydaných 20 publikací se stejným zaměřením, už nemůžeme mluvit o novém tématu a oponenti přesně tuto výtku napíšou. 

Nový objev versus hon za citacemi

Podle statistik jen 5 až 10 % odborných článků přijde s něčím novým. Zároveň je počet vydaných článků v současnosti enormní. Vychází jak na běžícím pásu. Je vůbec ještě možné přijít s něčím zcela novým? 

Objevných článků je opravdu minimum. A přijít s novou myšlenkou je někdy těžké i z toho důvodu, že časopisy rády publikují články, které na něco navazují, protože jsou pak citovanější. Podle počtu citací je pak posuzována také kvalita časopisu. Vzniká tak paradox, že aby byla zcela nová věc úspěšná a publikovatelná, musí s ní přijít alespoň nějaká zavedená výzkumná skupina, protože jinak tomu vlastně nikdo nevěří. Proto se staví na datech, která už byla publikovaná například na jiném typu nádoru, a my nově provedeme výzkum u našich pacientů a myšlenku rozvineme. Zároveň pokud něco jedna skupina vyzkoumá, je potřeba, aby to jiná, nezávislá skupina potvrdila. Když jeden autor něco nového objeví, ještě to nemusí nic znamenat. Může to být náhoda. 

Nebráníme si tím v přístupu k novým objevům? 

Je to takový paradox. Zároveň je to ale kontrola, aby se člověk, který narazí na něco zcela nového, hodně zamyslel nad tím, jestli jsou jeho data skutečným objevem, nebo se jedná jen o nějaký artefakt. Vytváří se tím vlastně tlak na vědce, aby měli svoji myšlenku perfektně ověřenou. Proto jsou nezbytné výše zmíněné striktní kontroly. Novinky by měly navazovat na to, co už známe. Pokud jsou nová data v rozporu s tím, co je publikované, je extrémně těžké je prosadit a publikovat.

Jaký je váš obvyklý postup, když píšete vědecký článek?

Existují různé metody. Já dodneška čerpám z rad, které mi kdysi řekl můj školitel na diplomovou práci profesor Jaroslav Flégr, podle kterého je ideální začít metodikou. Nejhorší je, když sedíte před počítačem a zcela prázdnou stránkou a nevíte, jak začít. Metodika je ale jasná a dobře se píše. Když už má člověk hotovou metodiku, vznikají i obrázky a grafy a podle nich většinou také píšu výsledky, následně úvod a na závěr diskusi, která je nejdelší a nejkomplikovanější. Postup začít od nejjednoduššího funguje pěkně a rýsuje se přirozeně příběh, který chceme sdělit. Když pak dorazíme k nejtěžší pasáži, už máme víceméně jasno, jak bude hotový článek vypadat. Když začínáme, tak máme třeba představu o tom, jak článek napíšeme, ale někdy po sestavení všech výsledků dohromady a vizualizaci dat nakonec přijdeme na to, že chceme postavit příběh trochu jinak. Proto není ideální začínat úvodem.

Vědecký článek je dnes týmová práce

Několikrát jste zmínila nutnost vědeckých metod. Jaké jsou ty základní metody nebo nástroje pro zpracování dat anebo analýz k vědeckému článku?

To záleží na tom, co člověk měří. Ke kvantifikaci dat se standardně používají statistické metody a v dnešní době si většina vědců už nedělá statistické analýzy sama. Většinou v každé laboratoři nebo firmě jako u nás působí nějaký bioinformatik nebo statistik, který data zpracovává. Má to i své nevýhody, protože komunikace mezi biologem a statistikem je někdy komplikovaná. Na jednu stranu oni připraví výsledky matematicky správně, ale nejsou to přesně ty výsledky, které jsme po nich chtěli. Proto si třeba ráda připravuji statistické analýzy sama, protože vím, s jakými daty pracuji. Vím, jaké pacienty mám ve studii, a mám u nich napsané poznámky. Máme pak například nějaký vzorek, který obsahoval hodně krve, což zkreslilo data. Takového pacienta mohu případně vyřadit, když se bude výrazně lišit od těch ostatních. Statistik nemusí tyto biologické parametry úplně zohlednit. V dnešní době už jsou ale analýzy strašně složité. Obsahují obrovské množství dat, proto je v podstatě nemožné, aby veškerá data vyhodnotil biolog sám. Základem je pak perfektní komunikace mezi ním a biostatistikem.

Z toho mimo jiné vyplývá, že na vědecké práci se podílí spousta lidí. Jaký bývá průměrný počet členů takové skupiny a jak si jednotliví autoři dělí odpovědnost?

Je to různé. Nedávno jsem během přednášky ukazovala jeden článek z prestižního časopisu Nature Communications, na kterém pracovalo 10 různých vědeckých skupin ze tří různých zemí. Dneska už je prakticky nemožné, aby kvalitní vědecký článek sepsal jen jeden postgraduální student. Možná tak do časopisu s nízkým impakt faktorem (ukazatel průměrného počtu citací vědeckého časopisu, pozn. red.). Existuje takové množství metod, že to mnohdy ani nelze zvládnout v rámci jedné laboratoře, takže nakonec na práci spolupracuje laboratoří více. Počet se tak může pohybovat od pěti po třeba 30 autorů. My například využíváme vzorky od pacientů, takže potřebujete zapojit do práce i lékaře, kteří vybírají pacienty a vzorky odebírají. Nad jednotlivými odbornostmi pak stojí nějaký manažer celého projektu, který všechno poskládá dohromady, vymyslí z toho příběh a napíše ho. Mnohdy i článek píše více lidí, protože metody jsou extrémně odborné, takže analýzu složitějších dat sepíše třeba právě bioinformatik, který přesně ví, jak data zpracovával.

Podle čeho se pozná kvalitní odborný časopis a kvalitní vědecká práce? Jakých parametrů si všímat? A neohrožuje tlak na kvantitu a také dotační a grantová politika trh s vědeckými články a kvalitu publikací? Přečtěte si v druhé části rozhovoru s vědkyní RNDr. Annou Fialovou, který vyjde již brzy.

Autorka: Pavlína Zítková

Foto: SOTIO Biotech a.s.